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본래 항체란 바이러스나 세균 같이 외부에서 우리 몸에 침입 하는 개체를 빠른 시간 안에 퇴치하기 위해 백혈구 중에서 B임파구라는 세포에서 만들어내는 단백질로 정상적인 면역을 유지하기 위해 꼭 필요한 물질이다. 독감, 폐렴 예방주사를 맞는 이유가 이러한 항체를 병이 발생하기 전에 미리 만들어 놓기 위해서이다. 이와는 달리,자가항체란 우리 몸 안의 세포 또는 단백질을 내 몸의 일부가 아닌, 외부의 개체로 인식하고 비정상적인 염증을 일으킬 수 있는 병적인 항체를 말한다. 쉽게 말해 우리 몸의 면역세포가 아군과 적군을 구별을 못하는 상황이 발생한 것이다.류마티스 관절염, 루푸스와 같은 자가면역 질환은 이러한 자가 항체의 생성을 특징으로 하며 자가 항체 검사는 류마티스관절염, 루푸스 등의 자가면역질환의 진단에 중요한 단서를 제공한다. 하지만 자가항체의 양성이 곧 질병을 의미하는 것은 아니기 때문에 경험 있는 전문의의 판단이 중요하다. 예를 들어 류마티스 인자란 자가항체는 류마티스관절염 환자에서 특징적으로 나타나는 항체이지만, 정상인 또는 B 형 바이러스간염과 같이 관절염과 관계없는 전혀 다른 상황에서도 양성으로 나타날 수 있기 때문에 이에 대한 판독에 주의를 요한다. 루푸스라는 질환과 깊은 관련이 있는 항핵항체 또한 낮은 수치는 60세 이후의 여성에서 검출될 수 있으며, 루푸스가 아닌 건조증후군, 경피증에서도 나타날 수 있다.
대부분의 자가 면역질환은 전신적인 염증을 동반하기 때문에, 혈액 속의 염증수치는 염증의 정도를 비교적 잘 반영한다. ESR, CRP 라는 염증수치는 환자의 예후와 치료 방침, 약물치료 효과에 대한 평가를 결정하는데 유용한 지표로 사용된다. 그러나 염증수치가 정상이라고 해서 염증이 전혀 없는 상태를 의미하는 것은 아니기 때문에 이학적 검사와 다른 혈액 검사 소견을 종합해서 판단해야 한다.
백혈구,적혈구, 혈소판 수치를 보는 혈액세포수 검사와 간기능, 신장기능, 혈당수치, 갑상선 기능검사 등이 여기에 해당된다. 이러한 검사는 관절염 이외에 동반된 다른 질환의 유무를 알아보거나, 약물 치료 중에 발생하는 부작용의 발생을 감시하는데 중요한 자료로 활용된다.